摘要: 选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改善现有映射工具的性能.实验对比了平均种子选择方法和当前最优的种子选择策略(OSS,optimal seed solver),结果显示FMSS算法能够用很少的时间代价给出接近OSS的最优种子集合,这表明FMSS算法可集成到现有映射工具中用于处理更大规模的read mapping问题.
中图分类号:
马海涛, 祁实, 于长永, 赵宇海. 基于频率的Read Mapping种子选择算法[J]. 东北大学学报:自然科学版, 2019, 40(5): 609-613.
MA Hai-tao, QI Shi,YU Chang-yong, ZHAO Yu-hai. Frequency-Based Seed Selection Algorithm for Read Mapping[J]. Journal of Northeastern University Natural Science, 2019, 40(5): 609-613.