摘要: 在已有测序数据基础上,利用三种常见的序列组装软件对Paenibacillus Shenyangensis全基因组测序结果进行拼接组装,分析比较了不同软件在各自最优参数条件下DNA序列的组装数据,并与NCBI数据库中类芽孢杆菌属其他近缘种进行基因比对与预测.结果表明,SOAPdenovo的组装结果最优,在k-mer为23时,组装基因组总长和N50分别为5501467和293864bp,预测的4800个基因中有4393个与NCBI-Nr数据库比对并注释成功.
中图分类号:
付丽丽, 姜彬慧, 胡筱敏. Paenibacillus Shenyangensis的DNA序列拼接与组装[J]. 东北大学学报:自然科学版, 2016, 37(10): 1465-1468.
FU Li-li, JIANG Bin-hui, HU Xiao-min. DNA Sequence Assembly of Paenibacillus Shenyangensis[J]. Journal of Northeastern University Natural Science, 2016, 37(10): 1465-1468.